1、办公室：协助指挥部领导组织日常工作，对各科室工作进行综合协调和督办，负责文秘、档案、财务、会务、后勤服务、新闻宣传、内部规章制度的建设和执行检查及重大活动的筹办等。
2、规划建设科：根据市、区温瑞塘河整治总体规划，制定实施方案，并组织实施，负责全区截污工程、精品工程及配套设施建设和管理。配合市区整治专项行动，进行全区畜禽业、餐饮业、重点污染业、净化沼气池建设、直排公厕改造、垃圾收集系统建设、拆违、生态治理法等专项整治和新技术、新工艺的推广和应用，制定整治年度计划并报告工程进展情况，制订各项工作目标责任制；配合市指挥部GIS系统的建设工作，负责工程建设项目的技术指导和规划管理。
3、宣传政策科：负责制定沿河建设项目政策处理办法并组织实施，指导各镇(街道)及有关单位有关征迁政策，做好建设用地的征迁工作。抓好以建设工程为中心的宣传工作，开展多种形式的宣传、动员、教育活动。
4、环保市政科：制订河道管理方案，协调全区各有关职能部门河道管理工作，严格控制垃圾入河，杜绝入河污染源的管理，改善环境。拟定温瑞塘河整治和保护的规划或方案并组织实施。
5、事业开发科：负责区温瑞塘河治理资金筹措方案的制定和实施，制订和解释塘河治理与用地相关的政策。负责投资发展公司的业务管理。负责本区河道沿岸土地整理、开发，搞好沿河土地开发利用总体规划方案的编制，协调解决治理工程所需土地的征、拨、租、借等工作，执行“谁污染、谁出资”的筹资办法。 |